به گزارش جام جم آنلاین به نقل از دفتر حفظ و نشر آثار حضرت آیت الله العظمی خامنه ای، متن پیام به این شرح است:

بسم‌الله الرحمن الرحیم

دانشمند برجسته و ممتاز هسته‌ ای و دفاعی کشور جناب آقای محسن فخری‌زاده به دست مزدوران جنایتکار و شقاوت‌ پیشه به شهادت رسید. این عنصر علمی کم‌نظیر  جان عزیز و گرانبها را به خاطر تلاش های علمی بزرگ و ماندگار خود، در راه خدا مبذول داشت و مقام والای شهادت، پاداش الهی اوست. دو موضوع مهم را همه‌ی دست‌اندرکاران باید به جِدّ در دستور کار قرار دهند، نخست پیگیری این جنایت و مجازات قطعی عاملان و آمران آن، و دیگر پیگیری تلاش علمی و فنی شهید در همه‌ی بخشهائی که وی بدانها اشتغال داشت. اینجانب به خاندان مکرم او و به جامعه‌ی علمی کشور و به همکاران و شاگردان او در بخشهای گوناگون، شهادت او را تبریک و فقدان او را تسلیت میگویم و علو درجات او را از خداوند مسألت میکنم.

سیّدعلی خامنه‌ ای
۸ آذرماه ۹۹